Jalur Seleksi PMB Program Doktor (S3) ada dua jalur yaitu Reguler dan Kerjasama.

Jalur Reguler merupakan jalur seleksi PMB yang dilaksanakan dengan tes berupa wawancara yang meliputi presentasi proposal rencana disertasi dan kemampuan bahasa asing (Inggris dan Arab).

Jalur Kerjasama merupakan jalur seleksi yang berdasarkan perjanjian kerjasama dengan lembaga/instansi mitra. Jadwal pendaftaran, seleksi, persyaratan dan materi seleksi ditetapkan berdasarkan dengan kesepakatan lembaga/instansi terkait